20" łącznie z tyłem. Z przodu bo:
- Większy dobór opon niż dla 24"
- Będzie lepiej ( ciaśniej) skręcać
- Mniejsze otwory = lepiej.
Z tyłu bo:
-Więcej miejsca na bagaż
-Jedna dętka zapasowa na cały rower
-Ewentualnie silniki elektryczne w postaci mocnego huba w kole 20" dają efekt schodzenia z rowerów na miękkich nogach 
Myślę że w takiej konstrukcji problem i koszt dorobienia większych blatów dla korby dla koła 20" to drobiazg.
Się podpiszę pod tym co kolega napisał

I dodam: to że (prawie)żaden z istniejących na rynku velomobili nie ma z przodu koło większe od 20", to chyba coś oznacza.
Chodzi przede wszystko o promień skrętu. I tak często jest baaardzo duży, a co dopiero z większym kołem.
Z tyłu jeśli mają 26+ to tylko dla łatwego uzyskania odpowiedniego przełożenia, bo szybkie velo na prostej poleci z 50 bez problemu, a starczy -1% by poleciał 70+ no więc często spotykany jet blat 60+ zębów na kole 26 cali.
Owszem kosztem przestrzeni bagażowej.
Jako że ten velomobil jest raczej użytkowy, i dodatkowo będzie wyposażony w silnik elektryczny,
myślę że lepiej dać 20" z tyłu też, i cieszyć się z większej przestrzeni, a ew. kwestię braku wysokich przełożeń rozwiązać z pośrednictwem middrive-a
gdzie także można zrobić tak że większość napędu będzie schowano w środku, a do piasty tylnego koła tylko krótki łańcuch, czy jeszcze lepiej - pasek zębaty.
Bo nie będzie się napęd brudził, zmiana tylnego koła może być łatwiejsza (np. u niektórych jest nawet jednostronne mocowanie tylnego koła, no więc żeby dętki zamienić nie trzeba nawet zdejmować koła.
Jeżeli silnik elektryczny będzie nie w piaście koła, to można to wszystko zintegrować jakoś elegancko w środku, z tylko jednym mocnym 1rz szerokim łańcuchem do tylnego koła, lub paskiem.
Co do dziur.. no, jest amortyzacja, to powinno starczyć. Jasne, że jeszcze lepiej z większym kołem, ale nie jeżeli to łączy się promieniem skrętu niczym autobusu.
Pozdro